La Gestión Institucional de la ALT como organismo de derecho público internacional con plena autonomía de decisión y gestión en el ámbito técnico, administrativo-económico y financiero, por su naturaleza, se rige por:
- Estatuto de Creación y funcionamiento de la Autoridad Binacional Autónoma del Sistema Hídrico del Lago Titicaca, Rio Desaguadero, Lago Poopó y Salar de Coipasa.
- Reglamento de manejo económico y financiero de la Autoridad Binacional Autónoma del Sistema Hídrico del Lago Titicaca, Rio Desaguadero, Lago Poopó y Salar de Coipasa
- Convenio sede de la Autoridad Binacional Autónoma del Sistema Hídrico del Lago Titicaca, Rio Desaguadero, Lago Poopó y Salar de Coipasa
Así mismo, cuenta con normas internas como: Manual de Organización y Funciones, Reglamento Especial de Administración de Personal, Reglamento de Adquisición de Bienes y Servicios entre otros.
